يتولى إدارة المركز مدير عام تختاره اللجنة التنفيذية لمدة أربع سنوات ويصادق على التعيين مجلس الأمناء.
ويشرف المدير العام على الجهاز الاداري للمركز ويقدم تقارير دورية عن نشاط المركز وأوضاعه المالية للجنة التنفيذية ومجلس الأمناء.
تم تعيين الأستاذة لونا مفلح أبوسويرح مديرة عامة للمركز في آيار/مايو 2017.